QuantChem

Сайт вопросов-ответов (аналог StackOverflow) в рамках курсов Информатики в ВШЭ и Молекулярного Моделирования.

Это сайт для тех, кто хочет уметь делать на компьютере НЕ только то, чему его научили:
В работе программиста (да и квантового химика) часто встречается ситуация, когда понятно, что надо сделать, но неизвестно, как. Например: удалить папку на UNIX, или поправить инпут-файл, чтобы расчёт перестал падать с непонятной ошибкой.
Основной способ решения данного класса задач: зайти в Гугл, сформулировать свою проблему и найти для неё решение. Те из вас, кто так уже делал, наверняка видели, что очень часто ответы находятся на сайте StackOverflow: это сайт вопросов-ответов, который активно используется программистами. Есть даже такая народная мудрость: если у вас есть проблема в программировании, то вы не первый, кто с ней столкнулся, и правильный ответ точно есть где-то на просторах интернета.
Однако, сайты вопросов ответов тоже создаются не сами по себе: всегда есть кто-то, кто задал вопрос, ответ на который помог вам. Поэтому полезно уметь вернуть долг и в свою очередь задать вопрос/дать ответ на таком форуме.

Полезная пара вопрос/ответ должна быть оформлена так, чтобы быть полезным случайному читателю. Для этого:

Название вопроса должно содержать сообщение об ошибке, либо другие ключевые слова, по которым легко понять, о чём идёт речь.
В теле вопроса должна быть детально изложена проблема в текстовом виде. Также необходимо описание последовательности действий, приведшей к проблеме, и фрагменты инпут/аутпут-файлов (обязательно корректно оформленные как код). Недопустимо чтобы формулировка ошибки присутствовала в вопросе только в виде картинки - такой вопрос - а значит, и ответ на него - не будет находится поисковыми системами и будет бесполезен для общества.
Ответ на вопрос должен содержать конкретное решение (что ввести в командную строку/поменять в инпут-файле чтобы проблема решилась) и объяснение проблемы в целом. Например:
На сервере установлено всего 12 Гб оперативной памяти, а в инпут-файле указано использовать 25 Гб. Нужно заменить %maxcore 25000 на %maxcore 2000 (тогда будет 2 Гб, должно хватить).
Если ответ решил проблему - он обязательно должен быть отмечен как "Solution" - для того, чтобы посетитель форума мог быстро найти нужный (работающий) ответ.
Все детали обсуждения должны присутствовать на странице вопроса. Никаких "я прислал тебе в ВК", "посмотри в ТГ". Опять таки, такой вопрос/ответ будет бесполезен для общества.

Topics, recently active first	Category	Users	Replies	Activity
Welcome to this community [ Edit this to clarify what this community is about. This first paragraph is shown to everyone, on the forum homepage. ]	General	S	0	2020-12-06 14:42:10.331Z
Давление в орке Как можно учесть давление в орке?	General	M	0	2021-01-10 14:31:10.932Z
сбой расчетов высвечивается вот такая ошибка, как исправить??? Память чистил, последней оптимизированной геометрии нет, оптимизация не началась....	General	K M S K	4	2020-12-20 22:30:09.706Z
Ошибка запуска расчётов на сервер В чём может быть ошибка? вот inp %pal nprocs 8 end ! PBE0 Grid4 D3BJ ! cc-pVDZ ! TightOpt Freq xyz 0 1 16 0.218663849 0.746095568 0.728616235 16 1.055967304 1.642907821 0.495215661 8 -0.146384591 0.401074209 1.850566788 8 -0.608174433 0.031605749 -0....	ORCA	M2 M S D	12	2020-12-20 14:45:01.450Z
Шкалирование ИК-спектра Подскажите, пожалуйста, какой коэффициент шкалирования брать для метода HF-3c? Я видела, что присылали ссылку на сайт, где есть методы, базисы и коэффициенты, но для своего не нашла. Может, кто-то знает?	General	S M A M	5	2020-12-20 08:53:07.035Z
расчет константы равновесия как посчитать константу после вывода данных?	General	L D M2	3	2020-12-18 20:38:13.872Z
Отрицательные частоты Это третий раз, когда появляются отрицательные частоты. Предыдущие два я брала оптимизированную геометрию и создавала новый импут с новыми координатами. Всё прекрасно посчиталось, вот только частоты остаются отрицательными.	General	A M K A	7	2020-12-18 13:19:46.194Z
Про температуру Каким способом орка учтет температуру (если вообще учтет), если в инпут-файле не указывать температуру?	General	M K M	3	2020-12-18 07:26:20.456Z
Использование разных базисов при расчете Как назначить для разных элементов молекулы разные базисы? Как составить inp?	General	K2 M2 K2	4	2020-12-17 17:57:31.582Z
Получение выходных данных для различных температур Какие входные данные необходимо ввести в input файле, чтобы Orca посчитала энергии при различных температурах?	General	L M2	1	2020-12-16 19:26:39.138Z
Explain icons...
Неправильная мультиплетность Орка выдает, что неверная мультиплетность. Считаю энергии для реакции галогенирования изобутана хлором. Как считать мультиплетность у образующихся радикалов?	ORCA	K A K	2	2020-12-16 16:29:46.154Z
ИК-спектр Я посчитал ИК-спектр, как его посмотреть и что дальше с ним делать?	General	D2 S	1	2020-12-16 12:07:40.817Z
Как задать определенную длину связи в Chemcraft и в каких единицах она измеряется? Как в chemcraft задать необходимую мне длину связи, и в каких единицах она будет измеряться?	General	M2 D K M	10	2020-12-15 20:52:29.427Z
FATAL ERROR ENCOUNTERED !!! !!! CANNOT OPEN FILE файл находится в нужной папке и называется также. в чём может быть проблема? инпут:	General	S M A K S	18	2020-12-15 17:58:09.436Z
WARNING: CPCM is not yet implemented for CIS and TDDFT gradient Добрый день! Я пытаюсь посчитать УФ спектр. Мне необходимо учесть растворитель, но при попытке задать его строкой ! CPCM(Acetone) орка выводит следующую ошибку: "WARNING: CPCM is not yet implemented for CIS and TDDFT gradient ===> : Skipping actual c...	ORCA	N K	1	2020-12-15 13:54:09.309Z
Изотопы в структурном редакторе Как можно в структурном редакторе вставить изотопы (например дейтерий) для расчета?	General	M D M	4	2020-12-15 10:28:51.113Z
переходное состояние как составить инпут, чтобы посчитать переходное состояние в реакции двух и более молекул?	General	S M2	3	2020-12-15 09:43:19.924Z
В чём различия между полными, электронными и свободными энергиями? Многие ошибки в расчётах возникают из-за двух вещей: из-за технических трудностей и непонимания химической составляющей. Последняя проблема появляется достаточно часто, но есть способ её решения – разобраться в основах химического моделирования с точ...	General	S S2 S	2	2020-12-15 05:49:00.498Z
Ошибка: недостаточно шагов оптимизации ORCA выдала ошибку, сказав, что недостаточно шагов оптимизации. В output файле при открытии в ChemCraft нет optimization steps. Можно ли найти где-нибудь координаты хоть как-то оптимизированного состояния? Если да, то где?	ORCA	S K M2 M S	7	2020-12-14 18:53:44.534Z
Молекула расходится, а координаты атомов находятся повсюду, как показывает chemcraft что делать? как исправлять?	ORCA	S M2	3	2020-12-14 18:37:11.802Z
Сольватация Какой растворитель взять в инпут файл для расчета ИК спектра лейцина и изолейцина? Можно ли брать воду?	ORCA	D S	2	2020-12-14 18:33:55.592Z
Проверить инпут-файл для комплекса Проверьте, пожалуйста, что с этим файлом не так, орка выдает ошибку после нескольких часов расчёта ! PBE0 Grid4 D3BJ ! cc-pVDZ ! TightOpt Freq xyz 0 1 As -0.847 -0.211 0.000 Cl 0.025 1.792 -0.000 Cl -3.017 -0.455 -0.000 Cl 0.448 -1.970 -0.000 C 3.645...	General	D2 A M	5	2020-12-14 16:57:27.486Z
Ошибка в оптимизации Орка считала n часов, а потом выдала ошибку: ERROR !!! The optimization did not converge but reached the maximum number of optimization cycles. As a subsequent Frequencies calculation has been requested ORCA will abort at this point of the run. Pleas...	ORCA	S A S	2	2020-12-14 15:07:53.170Z
Ошибка в расчете Подскажите, пожалуйста, что делать, если Orca выдает такую ошибку	General	K2 M K S2 K2	6	2020-12-14 12:01:41.865Z
The optimization did not converge but reached the maximum number of optimization cycles Такая ошибка. До этого считала 5 часов... Если я перенесу вторую строчку к первой, это может что-то принципиально поменять или дело в другом?	General	A M2 D	4	2020-12-14 08:03:02.249Z
Error: number expected in COORDS/XYZ/SecondCoordinate ATOM-NO 1 Происходит что-то непонятное. Когда я забыла растворитель и прилепила хоры в комплекс, все считалось нормально целых 8 часов (Растворитель взяла вот из этой ссылочки, которую кидал Федя (Федя спасибо)) https://www.sites.google.com/site/orcainputlibra...	General	A S A	2	2020-12-13 23:19:38.040Z
ИК спектр Как рассчитать ИК спектр молекулы? Имеется в виду математический расчёт.	General	S M2	4	2020-12-13 21:36:32.983Z
ЯМР Читала туториал по орке, но так до конца и не осознала, как рассчитать сдвиги ЯМР-спектра. Расскажите, пожалуйста.	General	A S A	2	2020-12-13 21:31:44.088Z
Как прервать расчёт на Windows? Перезапустить хочу...	General	M2 A M	5	2020-12-13 21:30:41.190Z
ChemCraft Подскажите, пожалуйста, как создавать ИК - спектры в ChemCraft ?	General	K2 M	2	2020-12-13 19:53:03.190Z
ORCA finished by error termination in GTOInt Запускаю расчеты не сервере и после нескольких секунд расчеты прекращаются, а log файле пишет это: ORCA finished by error termination in GTOInt Calling Command: /opt/orca/orca_gtoint 2.2.2-Cryptand.int.tmp [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]: .... ...	ORCA	B M	4	2020-12-13 16:44:38.008Z
Ошибка при подсчёте на сервере Подскажите, пожалуйста, в чём может быть проблема?	General	S D M S	4	2020-12-13 15:54:02.906Z
Моделирование реакции Что нужно сделать, чтобы рассчитать константу равновесия этой реакции:	General	D2 S2 K	2	2020-12-13 14:23:33.316Z
Дополнительные мнимые частоты колебаний в переходном состоянии Возник вопрос в связи с полученным результатом расчётов. В лекции говорится, что у правильного переходного состояния может быть ровно одна комплексная частота колебаний. Но в своём расчёте я получил для трёх одинаковых переходных состояний реакции SN...	General	B M	1	2020-12-13 12:37:49.485Z
Расчёт энергии состояния системы Мне надо посчитать устойчивость вещества к определённой реакции, поэтому считаю энергию состояния системы до и после реакции. Вопрос: как это сделать, если в системе больше одного вещества (иногда в разных молярных соотношениях)?	General	S B	1	2020-12-13 12:36:01.076Z
Parallel analytical Hessian not implemented for conventional or semi d$ При запуске инпут-файла на сервере orca выдаёт ошибку: WARNING: your system is open-shell and RHF/RKS was chosen ===> : WILL SWITCH to UHF/UKS WARNING: Parallel analytical Hessian not implemented for conventional or semi d$ Please choose runmode 'DIR...	General	N M K M	6	2020-12-13 12:34:32.323Z
Одновременный запуск нескольких файлов ввода для ORCA Привет! Кто-нибудь знает, как одновременно запустить несколько фаайлов ввода ORCA под линукс? Заранее спасибо!	General	B D S2	2	2020-12-12 20:31:17.927Z
Восстановить расчёты в Орке Кто-то знает, можно ли восстановить расчёты, если произошло непредвиденное выключение компьютера (вышибло пробки, например)?	General	S K M S	10	2020-12-12 18:52:59.872Z
м? Как мариноват огурци?	General	N M T	2	2020-12-11 21:03:24.704Z
Diagonalization failed with error code: -5 ! Ошибка The minimal basis has 158 functions [file orca_tools/Tool-Linalg/qcrdiag2.cpp, line 2688]: Diagonalization failed with error code: -5 ! ORCA finished by error termination in SCF Calling Command: orca_scf C:\Users\kcree\Desktop\Orca\ComplexSC\ComplexS...	General	K D	3	2020-12-11 19:29:47.865Z
ORCA не считает Походу, у меня ошибка в инпут-файле, но я не могу ее найти, помогите, пожалуйста!	General	K2 K S2	9	2020-12-11 11:28:00.904Z

Topics, recently active first