No internet connection
  1. Home
  2. General

переходное состояние

By Софья Никогосова @spnikogosova
    2020-12-15 09:34:06.686Z

    как составить инпут, чтобы посчитать переходное состояние в реакции двух и более молекул?

    Solved in post #3, click to view
    Reply
    • 3 replies
    1. M
      Мария Рындык @mryndyk
        2020-12-15 09:34:38.427Z2020-12-16 22:38:44.663Z

        1 вариант - по материалам лекции.
        *TS=ПС=переходное состояние
        ! OptTS TightOpt Freq
        %geom
        Calc_Hess TRUE
        end

        Reply
        1. MМария Рындык @mryndyk
            2020-12-15 09:40:01.638Z2020-12-16 22:38:59.877Z

            https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/geometry-optimizations/transition-state-optimizations
            https://www.orcasoftware.de/tutorials/react/nebts.html

            2 вариант. Вот по ссылкам ещё есть большое количество информации нахождения ПС по методу NEB, он может найти структуру TS только по геометрии реагентов и продуктов.
            Коротко говоря, чтобы это сделать нужно добавить только NEB-TS в основной вход и дать имя файла продукта xyz в параметрах %NEB: на сайте Орки подробно написано, как делать. Там есть нюансы

            ReplySolution
            1. MМария Рындык @mryndyk
                2020-12-15 09:43:19.924Z

                Основные шаги на скрине:

                Результат ПС вот в таком виде примерно должен появиться:

                Reply
            Reply