Как создать координаты для инпут файла или где их можно взять?
Заранее спасибо)
- KEkaterina Vlasenko @Kate_v7
Координаты можно взять из Chemсraft. Создаешь свою структуру, переходишь во вкладку Coord. Затем нажимаешь на Coords format и выбираешь пункт xmol format (X Y Z). У тебя появляются координаты, которые можно использовать в инпут файле.
- KIn reply toDomna⬆:Fedor Kliuev @KliuevFS
Если неудобно рисовать в кемкрафте, то можешь воспользоваться кем3д, оптимизировать там (но главное сделать это адекватно). Затем жмешь view -- Cartesian table. Откроется таблица с координатами атомов. Копируешь ее, прогоняешь через код, написанный неизвестным студентом ВШЭ https://colab.research.google.com/drive/1uqegNfrlrPuXaB7oxV5LPDFkpXQ4GdSQ?usp=sharing и вставляешь в кемкрафт, редактируешь (если нужно) и сохраняешь в формате XMOL. Копируешь координаты оттуда (без symmetry), пишешь метод, базис, и тд, затем * xyz n k (где n -- заряд, k -- мультиплетность)
после координат ставишь звездочку.
Должно получиться так: