Переходное состояние
By Егор Кретов @Kretov
У меня есть оптимизированный продукт и реагент.(оба посчитаны)
Как мне найти переходное состояние ?
- SАртем Глубшев @someanonimcoder
Нарисовать что-то навскидку исходя из википедии/литературы, потом сделать optTS. Если не работает - сначала констрейним интересующие нас части, потом оптимизируем нормально(opt), потом optTS. Констрейны делаем так:
! BP86 def2-SVP def2/J Opt %geom Constraints {B 0 1 C} # B for Bond, C for Constraint end endВыше в примере был привязвн атом 1 к 0. Почему необходимо делать констрейны? - А потому что иначе оптимизация сведет ПС или в реагент или в продукт. Так что надо сначала зафиксировать все что не надо оптимизировать, оптимизировать остаток молекулы, и оптимизировать уже как TS