Вопрос такой. Мне нужно нарисовать структуру CeO2 из n атомов, у него кубическая кристаллическая решётка, которую нужно превратить в сферу. Михаил Геннадьевич посоветовал воспользоваться программой Mercury. В связи с этим вопрос: работал ли кто-то в этой программе? Посоветуйте, пожалуйста, где можно предварительно нарисовать структуру и загрузить её в Mercury, чтобы затем оптимизировать? Варианты с ChemDraw, ChemWindow и ChemCraft не подходят. Заранее всем спасибо за помощь.
- MAndrew Manin @ManinAn
- SСвета Краснова @svetakrasnova
Да, я видела эти файлы, но в них речь идёт о готовых структурах в формате cif, которые загружают в Mercury, а мне перед этим, к сожалению, нужно нарисовать всё с нуля.
Но всё равно большое спасибо за помощь!- MMichael Medvedev @Medvedev_MG
А зачем рисовать с нуля, если наверняка есть cif с кристаллической структурой этого соединения? Лучше вырезать наносферу из кристалла
- SСвета Краснова @svetakrasnova
Вы мне говорили рисовать с нуля кубическую решётку, а затем удалять из неё атомы до получения сферы, потому что у меня фиксированное количество атомов получается.
- MMichael Medvedev @Medvedev_MG
Я имел ввиду взять кристаллическую ячейку (cif), размножить её (в Mercury или в Olex2) до кубика со стороной 3 нм, сохранить полученную кубическую наночастицу в xyz-файл, открыть его в ChemCraft и там уже удалить лишние атомы, чтобы структура стала плюс-минус сферической. Кристаллическую структуру CeO2 можно скачать отсюда: https://materialsproject.org/materials/mp-20194/
- SСвета Краснова @svetakrasnova
Теперь поняла, спасибо большое за помощь!
- SIn reply tosvetakrasnova⬆:Артем Глубшев @someanonimcoder
Если кому еще захочется поразмножать структуры без доп. программ, то есть вот такой скрипт. В первой клетке задать параметры, запустить ее, вторую, и посмотреть результат
https://vk.com/away.php?to=https%3A%2F%2Fcolab.research.google.com%2Fdrive%2F1WgxEk1VQwzNRctveC02fwP-4s1bbZlzv%3Fusp%3Dsharing&cc_key=