Итак, инструкция по исользованию скрипта:

Ввод данных:

В первой клетке кода вводим данные. Из cif-фала копируем координаты атомов в ячейке и ее размеры, а также указываем радиус желаемой наночастицы. Будьте осторожны, наночастицы крупнее 25 нм очень плохо открывает Chemcraft, да и считать их скорее всего будет несладко, ведь по понятным причинам при увеличении частицы в N раз количество атомов увеличится в $N^3$ раз.

str = """
 C      0.00000    0.00000    0.00000
O      0.00000    0.00000    1.08900
Si      1.02672    0.00000   -0.36300
N    -0.51336   -0.88916   -0.36300
O     -0.51336    0.88916   -0.36300
"""

#Размер ячейки, ангстрем - тоже скопировать из cif
a = 2
b = 2
c = 2 

#радиус наночастицы, ангстрем
R=10

Затем запускаем ячейку:

Аналогично вторую и третью.

Последняя ячейка отдаст вам файл data.txt, в котором будут координаты в формате, читаемом chemcraft и orca. Как ни странно, файл с тупо координатами chemcraft не откроет, так что открываете этот файл в блокноте, копируете из него во вкладку chemcraft'а "coord" все содержимое, и видите вот это:

Здесь для примера был взят метан, так что наша наночастица - это кусок кристаллической решетки метана. Все, наночастица готова, но для правильности стоит еще проверить соотношение атомов и поправить его. Например вот здесь соотношение атомов стало C56H256, а надо С56H224. Путем несложных вычислений понимаем что надо удалить 32 водорода. Спустя минутут работы руками в chemcraft:

Все, готово, берем новые координаты из COORD вкладки chemcraft, пишем инпут с ними, готово!